Como dice el nombre, esta pequeña Frailea crece cerca de la ciudad de Concepción, en el norte del Paraguay. Por esta ubicación no muy favorable, su extinción parece ser ya programada.
Estas plantas crecen exclusivamente debajo de arbustos de hasta 3 mts de altura. Las Fraileas quedan muchas veces tapadas de las hojas caidas y, como tienen solamente hasta 3 cmts de diámetro, hay que arrodillarse y remover las hojas para poder encontrarlas. En las fotos se pueden apreciar las frutas de los arbustos, que se parecen a las aceitunas. El suelo es arcilloso, impermeable y muy duro en estado seco. Sin embargo, este suelo es muy nutritivo y contiene un alto grado de nitrógeno, por lo que es recomendable un suministro de suficiente fertilizante en el cultivo.
Otras especies de la familia de las cactáceas en el habitat son: Gymnocalycium anisitsii, Echinopsis rhodotricha, Monvillea paxtoniana, Monvillea spegazinii, Cereus stenogonus y dos especies de Opuntia. También se encuentran algunas Tillandsias (T. duratii).
El clima es cálido por casi todo el año, con temperaturas entre 5 y 30 grados en el invierno y 20-38 grados en el verano. Una pronunciada época de sequía no existe y casi todas las noches cae un fuerte rocio.
Frailea concepcionensis es fácil de cultivar, si se utiliza un sustrato nutritivo, sin dejarlo secarse por mucho tiempo. Se recomienda un pulverizado con agua tibia por la noche. La multiplicación por esquejes es fácil las que produce en abundancia.

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